此期的诸子学研究是与新派知识分子突破独尊儒学的学术旧格局紧密地联系在一起的。章太炎尖锐揭露历代帝王尊孔的目的是为了“便其南面之术”[96]。批判《春秋》“言治乱虽繁，识治之原，上不如老聃韩非，下犹不逮仲长统。”[97]刘师培在《国粹学报》发表《论孔子无改制之事》的文章，指出康有为提出的孔子“托古改制”说是无稽之谈，并论证儒学并非深不可测，无非是和诸子百家一样的学术派别。值得注意的是，此期的梁启超在对待孔子的问题上与乃师康有为发生了分歧。他在1902年撰文《保教非所以尊孔论》，对康氏创设孔教的主张表示质疑，认为两千多年来中国学术停滞不前，“皆有思想束缚于一点，不能自开生面”；又说：“孔子者，哲学家、经世家、教育家，而非宗教家也。”[98]他在给康有为的信中说：“弟子以为欲救今日之中国，莫急于以新学说变其思想（欧洲之兴全在此）。然初时不可不有所破坏。孔学之不适于新世界者多矣。而更提倡保之，是北行南辕也。”[99]
随着儒学一统天下的局面发生动摇，诸子学研究开展起来。由于摆脱了“独尊儒术”的传统观念，新派知识分子对诸子学的意义有了新的认识，把它们看作是与儒学同样重要的历史遗产和文化宝库。邓实甚至把中国先秦诸子学与古希腊学术相提并论，把复兴诸子学视为中国的民族复兴与文化复兴的希望。他说：“考吾国当周秦之际，实为学术极盛之时代，百家诸子争以其术自鸣，如墨荀之名学，管商之法学，老庄之神学，计然白圭之计学，扁鹊之医学，孙吴之兵学。皆卓然自成一家言，可与西土哲儒并驾齐驱者也。夫周秦诸子之出世，适当希腊派兴盛之时，绳绳星球，一东一西，先后相映，如铜山崩而洛钟应，斯亦奇矣。”[100]基于这种认识，一些新派学者不囿儒学一格，对先秦诸子及汉唐后非主流学派的思想家展开研究，所及范围包括道家、法家、墨家、名家、杂家、农家、兵家，及汉唐后的王阳明、李贽、徐光启、黄宗羲、顾炎武、王夫之、颜元、李塨等。较为活跃的学者主要有两部分人：一部分为革命派学者，主要是国粹派的骨干人物，如章太炎、刘师培、邓实、黄节、陆绍明、马叙伦等，《国粹学报》《政艺丛报》是他们的主要论坛。另一部分为改良派学者，其主要代表人物是梁启超，《新民丛报》是其主要论坛。见于《国粹学报》的文章作品主要有：