诸葛亮在朝阳门城楼中再次提出建议，作揖道：“太子殿下，眼看即将进入四月，天气逐渐炎热，城外散布着如此多的尸体，必将发生瘟疫，请派人连夜掩埋。”
听了诸葛亮的话，朱慈烺不由得后背冷汗直冒，这才想起崇祯年间导致数百万人丧命的大瘟疫，它对明王朝的危害绝对不亚于遍地开花的农民起义。
这场瘟疫最早于崇祯六年爆发于山西境内，最早的传播形势是鼠疫，通过老鼠和跳蚤的叮咬进行传播，感染者高烧不退，喉部肿大如同长了个疙瘩，因此又被叫做“疙瘩瘟”。
如果患者不能得到及时治疗，发展下去会感染肺部，导致吐血，短短三四天之内便会呕血而死，致死率高达百分之三十以上，严重地区甚至会超过一半。
崇祯朝廷内外交困，无力控制疫情，任由其蔓延，于崇祯十一年爆发至最高峰，山西境内十室九空，经常一整个村子都被灭绝。
这也是李自成进入山西后兵不血刃，长驱直入用了一个多月就兵临北京城下的重要原因。
但因为大顺军从瘟疫最严重的山西地区过境，所以军中大量人员感染了鼠疫，导致战斗力锐减，这才在山海关被多尔衮和吴三桂的联军杀得兵败如山倒。
