福柯很少论及现代性，而是倾向于使用“现代时期”的概念，并将现代性或者说现代时期定义为一种批判精神，但是这样的一种批判精神同样是使用在对现代性的批判之上的，由此福柯被认为是后现代哲学家，其思维方式被认为是后现代性的也就有了现实的依据。
在具体的研究方法上，所谓知识的“考古学”是福柯主要的方法之一，也是最为核心的方法。福柯认为的知识考古学是一整套“器具”，但是这整套器具是累赘的、有着古怪装备的。福柯没有为他的考古学给出确切的定义，但指出这样的一种方式之所以会产生，是因为他对诸如“书籍”，或者“作品”等话语单位产生了怀疑，并认为这些单位不像它们所表现的那样直接和明显。他在无法给出确切定义之后，为他所谓的“考古学”确立了几条基本原则，“考古学所要确定的不是思维、描述、形象、主题，萦绕在话语中的暗藏或明露的东西，而是话语本身，即服从于某些规律的实践”；“考古学不试图发现连续的和不知不觉的过渡，这个过渡缓和地把话语同它前面的、周围的和后面的东西联系起来”；“考古学根本没有被排在作品的主宰形态地位上，它不试图捕捉这一形态从无名的地位中脱颖而出的时机”；“考古学不试图重建人们在说话的一瞬间的所思，所愿，所求，所感受，所欲的东西”。这样的一整套器具没有单一化的效果，更注重多样化的效果，“它对唯一的真理不感兴趣，对普遍原则不感兴趣，对线性发展观不感兴趣，对同一性和连续性不感兴趣；它感兴趣的是‘差异’，是‘复杂多样性’，是‘非联系性’，是‘不同的基础、不同的创造、不同的修正’”。福柯将这样的一种方法运用于医学史、人文科学、知识社会学等领域，并形成了自己的理论体系。