当时的西班牙社会还有另一面，那就是国王利用宗教裁判所对犹太人进行残酷的迫害。维夫斯出生于犹太人家庭，他17岁离家赴巴黎求学时，他的父母和几个姊妹仍留在西班牙，他们饱受迫害之苦。
迫害犹太人是为了实现西班牙的宗教统一，即所有人都信奉基督教。犹太人问题在西班牙一直是一个严重问题，到16世纪犹太人改教使得这一问题变得更加尖锐化。犹太人在西班牙社会的经济生活中具有重要地位，他们在经营财产方面长期长袖善舞，许多贵族世家委托犹太人经营田产，一些主教雇犹太人管理财务，一些国王也把税收、铸市、食盐专卖等事务交给一些犹太家族去做，犹太人的社会地位并不低。但犹太人信奉犹太教，正是在宗教信仰问题上才出现了对犹太人的宗教迫害问题。犹太人改奉基督教是为了免受迫害，但他们改教后的境况并不好。尽管他们在社会上地位重要，然而他们既得不到基督教徒的信任，被控在新信仰的外衣下保留旧的信仰；也得不到犹太教徒的信任，犹太教徒为保持其信仰的纯洁性，采取严酷手段对待改奉基督教的犹太人叛教者。另外，许多改教的犹太人为了在基督徒面前表明自己，又激烈地反对犹太人。这样就导致了错综复杂的矛盾。1478年西班牙设立宗教裁判所，开始掠夺犹太人丰厚的财产，大肆迫害驱逐犹太人，开始是分地区的，1492年3月30日国王下达驱逐令要求把所有未改教的犹太人驱逐出境。西班牙扮演了罗马天主教会急先锋的角色，结果宗教统一在西班牙是实现了，但代价却是丧失了许多富有经济才能的民众，使得西班牙的经济活动尤其是商业发展大受影响。正因为西班牙国王表现“出色”，教皇亚历山大六世于1494年年底授予费迪南德和伊莎贝拉两人“天主教国王”的称号，以表彰他们对基督教的功绩，教皇还授予两位天主教国王以改革本国教会的重权。红衣主教希门尼斯奉国王之命执行这项工作，对西班牙教会予以改革，他通过兴办教育提高教士们的文化修养，通过加强纪律约束提高教士们的道德行为水准。结果在西班牙，教会和教士并没有像意大利和北欧的一些国家那样腐败。希门尼斯的这种教会内部的改革为后来欧洲的反宗教改革运动树立了榜样。