光绪二十六年(1900年)七月二十一，中国北方爆发了以“扶清灭洋”为口号的义和团运动，引起英、俄、法、德、美、日、意、奥匈等八国联军入侵。在八国联军逼近北京时，载湉被慈禧带着逃亡西安。在逃亡中慈禧下令剿杀义和团。相传临行前还不忘处置珍妃，令太监崔玉贵把珍妃推到宁寿宫外的井中害死。当载湉得知珍妃的死讯后，精神彻底崩溃，旧病复发，日趋沉重，再也无法康复。
光绪二十七年（1901年）九月初七，清政府在北京与各国所订立的条约，共十二款，以赔款一项为最重，数目高达白银四亿五千万两，为不平等条约中最苛刻的。光绪二十八年（1902年）一月，载湉又被慈禧带回北京，仍然被囚禁在瀛台。
载湉真可谓一生没有过上一天舒心的日子。其实，这也就是他多病缠身的根源。从载湉自幼多病，到青年以后的病情逐步加重，都与他的政治处境和精神生活密切相关，可见慈禧的长期压制和打击，是载湉致病的重要原因。尤其是在被囚禁的漫长岁月中，他一方面悲观失望，前途渺茫，一方面又日夕担惊受怕，心情紧张，生活上更无人细心照料，使得他的病情不断加重恶化，终至不治。