9.1.4档案管理会计信息化系统是一个极为复杂的人—机系统。为了系统能够安全、健康地运行，档案管理就成为一项重要的基础性工作。在制定会计信息系统的内部控制制度时，档案管理制度必须是严格且具有实际操作性的。
会计信息化系统的档案可以分为三大类：会计数据档案、系统开发与维护、更新文本档案、系统操作痕迹记录档案。每一类档案又可分别以纸介质、磁介质、光介质予以存储。对于磁介质档案，又可以有联机与脱机两种不同的存储方式。因此，有效实施系统档案管理是有一定难度的。
（1）会计数据档案管理。纸介质会计数据档案指用打印机输出的会计凭证、会计账簿及会计报表，应该按照财政部颁布的《会计档案管理办法》实施管理。光、磁介质会计数据档案可分为历史数据和当前数据分别进行管理。对于历史数据，应至少制作两个备份，分别脱机保存。对于当前数据，则应采用定期备份、脱机保存的方式，以保证在系统发生故障时，能够及时恢复到最近状态，尽可能减少故障损失。
（2）系统开发与维护更新文本档案管理。这一类档案包括系统设计说明书、系统使用说明书、程序源代码以及系统数据字典等各项文本。这类档案既有纸介质，也有光、磁介质，均应保存至系统停止使用或有重大更改后5年。