责任内阁制的提出，引起了激烈的争论。当时，官制编制馆实际上是由袁世凯所控制，馆中许多具体的办事人员都是他的亲信，因此该馆起草的官制改革草案在某种程度上可以说代表了袁世凯的意见。袁世凯当时一度极力主张立宪，甚至有“官可不做，法不可不改”、“当以死力相争”之言。时人记载：“本初另有深意，盖欲借此以保其后来，此固人人所料及者。”此所谓“保其后来”即预留后路。因为袁世凯在戊戌政变中得罪了光绪皇帝，他担心在年过七旬的慈禧太后去世之后光绪亲政会对自己不利，所以想利用责任内阁制来限制君权。他积极提倡设立责任内阁的目的很明显，就是想推举自己手中的傀儡奕劻为总理，自己以副总理实际控制内阁，操纵中央大权。司马昭之心，路人皆知。因此，此举遭到了普遍的反对，御史交章弹奏，与袁世凯本来就有矛盾的铁良、荣庆等人更是借机攻击。尽管如此，以奕劻为首的总司核定大臣在审核这个官制草案时，只是作了一些无关紧要的改动，如改财政部为度支部，改交通部为邮传部，去掉典礼院之名而恢复礼部，删除行政裁判院和集贤院，而仍然保存责任内阁制。