杨畏知之死，充分暴露了孙可望的野心，他要的只是永历朝廷这块招牌，一切生杀荣辱的大权都揽归自己。这不仅加深了永历君臣的畏惧，也引起原大西军主将李定国、刘文秀等人的不满。这年十一月，清军逼近南宁，永历帝召集廷臣会议何去何从。有的人建议逃往两广海滨依靠李元胤的残兵败卒；有的主张迁入安南避难；也有的提议航海往福建投奔郑成功；掌锦衣卫事文安侯马吉翔和太监庞天寿极力主张前往云南依赖原大西军，首辅吴贞毓由于自己曾经反对封孙可望为秦王，这时顾虑重重，不敢决策。特别是永历帝本身就“不欲就可望”[135]。孙可望派来的护卫将领贺九义见朝廷议论纷纷，多不愿依靠近在咫尺的原大西军，他愤愤不平地入朝对廷臣说：“昔秦王为请移跸滇黔，特命我扈驾。今诸臣既各疑贰，我岂能担此重任乎？”[136]随即拔营而去。十二月初十日，清军缐国安部占领南宁[137]。永历君臣经新宁州（今广西扶绥）乘船溯左江逃至濑湍（在今广西崇左县东），由于上游水浅，“尽焚龙舟重器”，派禁兵抬辇由陆路逃难，经龙英（今广西大新西）、归顺（今广西靖西）、镇安（今广西德保）窜至桂滇交界处，遇上原大西军狄三品、高文贵、黑邦俊部才转危为安。南宁失守后，永历朝廷基本上已经没有自己的管辖区了，从此一直驻于原大西军接管的地区内。