至于士兵，那更不用说了。政府不要他们，他们只有投向对方，所以当时流传着这样一句话“此处不留爷，自有留爷处；处处不留爷，爷去当八路”。当局就这样自拆基座。
因为对内战态度消极，所以从那以后，蒋介石就不大采纳萧毅肃的建议。1946年5月初，中国陆军总司令部还没有撤销，萧毅肃就被外放到重庆，去做军事委员会委员长重庆行营参谋长。此后，先后经历了重庆行辕参谋长、重庆行辕副主任兼参谋长、重庆警备司令……直到两年后的1948年6月中旬，才再调回南京做国防部次长。
当时何应钦身边的一般参谋多推崇萧毅肃，以为他是陆军总司令部参谋长的不二人选。萧毅肃毕业于云南讲武堂，曾长期在西南部队服役。何应钦曾问过讲武堂的负责人，该堂创办多年，哪个学生最出色？负责人回答：萧毅肃。当时何氏在重庆担任军政部长兼参谋总长，即下令调萧毅肃为总长办公室高参；中国陆军总司令部成立后，又调之为参谋长。按照道理，这个职务，应该找一位懂英文的，但何应钦以萧氏非常优秀而任用他。萧毅肃虽然一句英文都不会说，但是美国人却十分佩服他。（参见汪敬煦《担任何敬公参谋之忆》）
那时萧毅肃虽也参加中枢主持的日常军事会议，但蒋介石只听信作战次长刘斐的话，所有其他的与会人员都无能为力。