但这个时候，南京特别委员会也正处于风雨飘摇之中。由于蒋介石回到上海，蒋系势力开始大肆活动，准备拥蒋复职，因此全力反对特别委员会。11月20日，国民党南京特别市党部召开党员大会，大会主席提出拥护特别委员会议案时，赞成与反对者当场发生严重的肢体冲突。市党部强行逮捕了持反对意见的黄杰等4人。第二天，陈果夫控制的中央党务学校的学生拥到市党部，捣毁办公室，并向国民政府请愿，迫使国民政府下令释放了被捕的4人。22日，南京各界举行庆祝讨唐胜利大会，中央党务学校代表谷正纲发表演说，当场高呼“打倒特别委员会”“恢复中央党部及国民政府”等口号，随后举行示威游行。结果队伍行进过程中，在秀山公园附近遇军警开枪射击，当即被打死2人，中央党务学校学生袁大煦也受重伤不治身亡，其余被伤者达数十人。置身幕后的蒋介石随即发表严厉的讲话，斥责国民政府与反革命军阀几乎毫无区别。于是，南京市各区党部、中央党务学校和市学联等单位迅速组织起惨案后援会，指控西山会议派为指使犯，中央党务学校的学生抬着袁大煦的尸体和伤亡民众的血衣游行，向特别委员会请愿。国民政府在位的3位常务委员谭延闿、李烈钧和蔡元培不得不出面承担责任，向民众道歉。