从公元前2世纪后半叶开始，斯多噶学派进入中期。由于与罗马帝国的全面接触，其学说更倾向于实用，同时，也开始向折中主义和唯心主义转化。
晚期斯多噶学派基本上贯穿于罗马帝国的始终，是斯多噶学派最重要的发展时期，其代表人物包括塞涅卡（约公元前4—公元65年）、爱比克泰德（约公元50—138年）、马可·奥勒留（公元121—180年）等。在晚期斯多噶学派，其时代特征表现得最为明显。从总的倾向看，晚期斯多噶派的柏拉图特征愈发强烈，更加注重道德和伦理问题，注重道德伦理原则的传播和应用，在宗教观念上，更加强化宗教神学的观念，认为人和神之间是血脉相通的。
塞涅卡是罗马著名的富豪，生前写了大量文学和哲学作品。他认为，哲学是获得美德的一种手段，善恶问题是哲学研究的唯一对象。他强调美德应该是实践而不是理论上的探讨。他接受了柏拉图的主张，把肉体和灵魂对立起来，认为肉体的快乐是短暂的，不足道的，有害的，美德的真正价值是内在的，幸福的生活应该是符合理性的。聪明人应该成为财富的主人，而不是它的奴隶。他主张生活节俭，乐善好施。塞涅卡还以热心于政治而自居，力图调解奴隶主同奴隶之间的矛盾，并写出著作，为王权进行辩护，他指出，帝王只要秉承上帝的意志，就集神权、政权和族权于一身，可以为所欲为。在宗教神学上，他继承早期斯多噶学派的传统，宣扬神学目的论。神是最高的理性，是全知全能的，是世界的创造者和统治者。通过这样的学说，塞涅卡加深了斯多噶学派中原有的宗教神学因素，把哲学和神学进一步融合起来，与新柏拉图主义靠得更近了。