1628年，刘宗周再度被起用，担任顺天府尹。由于他为民请命，廉洁无私，当时人称“刘顺天”。他虽然因为直谏，历尽坎坷，但依然不改初衷，上任不久就又一次上疏皇帝。更大胆的是这次竟然将矛头指向皇帝本人，指责崇祯帝的许多做法是错误的。这次犯颜直谏的结果是他被迫辞去顺天府尹。
南明弘光政权建立后，招刘宗周入朝官复原职，在前往南京的路上，他就几次劾奏佞臣马士英等人。这些人于是捏造了许多关于刘宗周的政治谣言，但这样仍不能使他住口。马士英咬牙切齿地骂道：“宗周奸贼，必驰斩其头。”刘泽清甚至派人对刘宗周行刺。
当时朝中就是否重用阮大铖引起了争论。刘宗周再一次直言劝谏，认为阮党奸邪害正，还说“大铖进退，关系江左兴衰”。然而，弘光帝驳回了刘宗周的奏章，起用了阮大铖。刘宗周见国事已不可逆转，就辞归故里。这次，从他正式任职到离职，仅有24天。