东林党人如此施政的结果，使相当多的其他团体官员和中立派为了寻求保护，从而投奔到正在崛起的阉党领袖魏忠贤旗下。天启初年，东林党人的受重用和魏忠贤的受恩宠，是两条平行发展的线索，也是天启初年帝国政治中最具特色之处。帝国中这两个最重要的利益集团，当它们之间的矛盾日积月累不断增多时，双方都失去了用和平手段解决问题的耐心和可能，就像两个互相睥睨的巨人，必须用决斗的方式解决水火不容的对立，直到其中一方完全倒下。
与阉党的斗争中，东林党人完全非其对手，最后不仅杨涟和左光斗等人横死狱中，作为一个政治团体，东林党也从此失去了执掌帝国政权的机会。但东林党人和阉党及其余孽之间的派系斗争，却一直在延续，从天启到崇祯，再到南明，直到大明余绪的彻底灭亡，这一斗争才画上了句号。究其实质，东林党并不是我们现代意义上所说的政党，而是古代意义上的朋党，乃是外人对东林人士带有贬义的指称。正如《剑桥中国明代史》所指出的那样：“东林党不是这个用语的现代意义的政治党派。翻译为‘党派’的‘党’字有贬义，在意义上更接近诸如‘派系’、‘宗派’或‘帮伙’一类的词。成员的身份没有固定的标准：开始时，‘党人’从他们的敌人得到这个称号。”