七年服除，除直秘阁，判西京国子监。（《王公系年录》云:“元祐七年三月四日，延和奏事，三省进呈，程颐服除，欲与馆职判检院。帘中以其不靖，令只与西监，遂除直秘阁，判西京国子监。初颐在经筵，归其门者甚盛；而苏轼在翰林，亦多附之者，遂有洛党、蜀党之论。二党道不同，互相非毁，颐竟为蜀党所挤。今又適轼弟辙执政，才进禀，便云：但恐不肯靖。帘中入其说，故颐不复得召。”）先生再辞，极论儒者进退之道。（见《文集》。）而监察御史董敦逸奏，以为有怨望轻躁语。五月，改授管勾崇福宫。（见《旧录》。）未拜，以疾寻医。
元祐九年，哲宗初亲政，申秘阁西监之命。先生再辞不就。（见《文集》。）绍圣间，以党论放归田里。
四年十一月，送涪州编管。（见《实录》。）门人谢良佐曰：“是行也，良佐知之，乃族子公孙与邢恕之为尔。”先生曰：“族子至愚不足责，故人情厚不敢疑。孟子既知天，焉用尤臧氏·”（见《语录》。）