最终，熊廷弼死于阉党之手。当熊廷弼关在狱中时，阉党领袖魏忠贤已然崛起，深受天启的信任。熊廷弼由于与坚决反对阉党的东林党人站在同一政治立场，魏忠贤趁机捏造了一纸圣旨将他处死。处死后，他的头颅被传送到被称为九边的九个军事重镇，作为对驻守边疆的将士们最直接的警告。这九边东起辽东，西到甘肃，要沿着九边这道弧线走上一圈，估计没有小半年的工夫不可能完成。朝廷如此不辞辛苦地把那颗失血的人头展示九边，目的只有一个，那就是要向戍边将士展示朝廷的威严和法律的无情。然而，在晚明那样一个朝廷腐败无能、法律倒行逆施的年头，这样的展示到底有多少人因而对朝廷心悦诚服，完全是个未知数。
熊廷弼含冤被杀后，事情还没了结。阉党以国家名义对他的家属的迫害还在继续：他被诬告说生前贪污了大量军费，他的儿子必须退回这笔数额巨大的莫须有的赃款——这让人想起几十年前天启的祖父向他死去的导师张居正的儿子追索赃款，逼得张家走投无路的往事。几乎是张居正故事的翻版——熊廷弼的长子于极度悲愤与绝望中自杀，其女也由于悲痛过度，吐血而亡，熊廷弼的夫人则遭受了各种罕见的凌辱。直到崇祯继位后，方才给这位明末杰出的边才平反，但也仅仅只是停止追讨压根儿就不存在的赃款，并允许把熊廷弼那颗早已干枯的头还给他的儿子，由其回家安葬而已。