但一个成熟的文官体制并不会因其中一部分人的升迁或是降职而有根本改变，而且，维护祖制、忠君进谏这种事情是每一位自许为忠臣的文官们乐意而为的。倘若为此而遭到皇上的处分乃至廷杖，名声立刻传遍天下，被时人目为英雄。因而虽有前车之鉴，但南京和北京两地的官员们还是接连不断地上疏达百次之多，万历不是将这些人革职为民，就是当众进行野蛮的廷杖。
此后几年，万历对来自文官集团的要求他遵守祖制的奏事者一律无情打击，他曾经“一怒而斥谏官十一人，朝士莫不骇叹”。但上书奏请者依然有增无减。万历无奈，只得答应于万历二十一年（1593）春天册立朱常洛为太子。可到了这一年，他企图将皇长子常洛与三子、五子一并封王作搪塞，引起文武群臣强烈反对，才被迫答应明年春天先举行皇长子出阁讲学礼。此后，万历又抱定“待嫡”之说，说要等到皇后生子后再立——但皇后明明是没有生育能力的。等了几年，皇后当然也没法生出孩子，他又回到皇长子身体虚弱的老路上来。明人谷应泰说：“自古父子之间，未有受命若斯之难也。”