逃出的韩晃很快便找到了张健，意图南下夺取吴兴，结果在那儿遭到了王舒的迎头痛击，两人不敌便往别处逃窜。然而“普天之下，莫非王土”，已然成了丧家之犬的韩晃和张健逃到哪里，官军就追到哪里。
情急之下，两人分开流窜。张健在躲藏了一段时间后准备出来投降，可是他遇到的是郗鉴，郗鉴在历数完张健罪状后便将他斩首了。韩晃则逃入山中，面对追击的士兵，韩晃张弓搭箭射死了不少追兵，直至弓箭射完，才被追兵乱刀砍死。而身在寿春的祖约得知大势已去后，带着剩余部队北上投奔石勒了。东晋咸和四年（329）二月，继王敦之乱后的又一次内战——苏峻之乱终于宣告结束。
此次内战对晋王朝来说又是一场噩梦，苏峻和祖约两支军事力量被拔除，东晋在江北的军事态势显得岌岌可危。经济方面，此次战争波及东晋最富庶的几个州郡，晋元帝、晋明帝两代皇帝的苦心经营被付之一炬，国力又倒退回衣冠南渡之初。尤其是首都建康城，在韩晃攻打首都过程中，曾放火箭将建康城付之一炬。
