但是，费迪南却也非常意外地获得了波希米亚和匈牙利的王位，使得哈布斯堡家族的势力大大地东扩了。此事与土耳其的入侵有密切关系。
1521年，土耳其苏丹苏莱曼一世（Süleymān I.，1495—1566）率领大军进攻匈牙利，并且迅速征服了贝尔格莱德（Belgrad）。匈牙利举国震惊，国王拉约什二世（II.Lajos，1506—1526）仓促御驾亲征，率领25000人的军队迎战奥斯曼—土耳其为数10余万的大军，1526年8月29日阵亡于莫哈奇（Mohcs）战役。苏莱曼一世乘胜追击，其铁骑踏遍了匈牙利东部诸省，除了烧杀抢掠，班师回国时还带走了10万基督徒俘虏。
拉约什二世年轻无后，他的阵亡，使得波希米亚王国和匈牙利王国王位突然出现空缺。费迪南依靠其祖父、前任神圣罗马帝国君主马克西米连一世与原波希米亚国王弗拉第斯拉夫二世和波兰国王齐格蒙特一世签署的遗产继承条约，以及哈布斯堡家族比较强大的实力，无比荣耀地戴上了波希米亚和匈牙利两顶王冠。12月16日，匈牙利和波希米亚的部分贵族选举神圣罗马帝国总督和奥地利大公费迪南为波希米亚国王和匈牙利国王，以求得当时已经出现的哈布斯堡大帝国的救助。克罗地亚贵族也在1527年选举费迪南为克罗地亚国王。除此之外，费迪南还获得了自称为塞尔维亚沙皇的约翰·奈纳德（Johann Nenad，卒于1527年）的支持。然而同样参与了竞选波希米亚王位的巴伐利亚公爵路德维希十世，却因失败而与费迪南结下了仇怨。费迪南虽然掌控了奥地利，登上了波希米亚和匈牙利的王位，却未赢得波希米亚和匈牙利两国等级的全体支持。一部分匈牙利等级拥戴西本彪根侯爵扎波利亚·亚诺什为对立国王，并与费迪南兵戎相见。出于报复，巴伐利亚公爵威廉和路德维希兄弟俩转而支持扎波利亚，力图挫败哈布斯堡家族的锐气。扎波利亚在战败后投靠奥斯曼帝国，成为受到苏丹庇护的傀儡国王，长期占据匈牙利部分地区（直至1540年）。巴伐利亚公爵也一直与哈布斯堡家族不和，时刻伺机报复打击。